模式不同：旗舰店主要是代理商建店，一般由产品的地区代理建立，如众多的服装品牌旗舰店，而官方店是这个品牌自己开的店，以拥有注册商标的企业和个人，以其身份自营或授权的网店。一般以注册商标的品牌直接命名。

规模不同：旗舰店是要授权的，和专卖店相比，店的规模比较大比较全，是公司的形象。

销售方式不同：官方网店只能在网上商城开设，而旗舰店则是线上线下都可以开设。