棘球呦可以寄生在人体内的任何部位，以肝脏为最多见，其次为肺、肠系膜、肌肉和皮下，有时可寄生于脾、肾、脑、心、眼眶、脊髓、胸腔、甲状腺。虫囊的体积与寄生部位有关，在实质脏器中，虫囊的体积小；在腹腔内则体积大，有的甚至可占满整个腹腔，压迫膈肌，造成肺萎陷。据报道，人体内寄生棘球蚴虫囊的平均直径为22厘米，囊液量为1280毫升，虫体一般有1个，也有2个以上的。寄生在肝脏时，患者可长期不显症状，但随着虫囊逐渐变大，患者出现贫血症状，体质下降，消瘦、虚弱。如囊液破裂，患者则出现剧烈过敏反应，甚至休克、死亡。虫囊寄生在肺部时，患者症状明显，初期表现为咳嗽、咯血，体温升高，后期则出现肺脓肿症状。虫囊寄生在人体其他部位时，都会导致患者：出现相应的功能障碍。