孤岛惊魂结局可以选择离开或是反抗，离开就是主角被洗脑也就是所谓的坏结局；反抗是将异教徒首领杀死。主角被雅各洗脑杀人后，被反抗军男首领救了回来，女首领曾表示这样的人不能收留是个祸害。主角最后因为被洗脑杀死了反抗军男首领。而法警被洗脑后也杀了同伴并且自杀了。

所以我们看到警长本就不是意志坚定的人，在逮捕神父的过程中一再要求法警控制，甚至想要退缩。在被洗脑的堡垒中说过坚持不住了的话，准备踩凳子上吊自杀。请注意不是药物控制他让他自杀。但主角破坏了费丝的堡垒和洗脑药物，警长便说他清醒了，咱们赶快离开堡垒。