菩昙寺始建于北宋神宗年间，原名葡萄寺。明万历二十六年（公元1598年），僧如显募集善款在葡萄寺原址重建，称善昙寺，又称菩昙寺。杭州府钱塘县寺补记（武林梵志）中记载：“善昙寺在鼎湖西葡萄畈，原葡萄寺。经数百年，其故址宛在。万历戊戌僧如显募众。县宰豫章刘公嘉其德，捐俸以助。邑人胡心得，沈朝焕，沈朝煜，丁周助建。长河环带，古木围荫，有石桥，钵盂泉。“相传南宋康王赵构之妹，为避金兵之难来到菩昙寺削发为妮，灰衣青灯，诚信念佛，圆寂后葬于寺旁。其墓在1958被毁，墓内得一法衣上玉搭环一只。

　　近千年来，菩昙寺虽历经沧桑，但寺庙香火相传相续，从未中断。据当地长者描述，至二十世纪四十年代时，菩昙寺还是一座具有相当规模的寺庙。寺庙占地十二亩五分，寺产有土地三十亩左右，寺内有大雄宝殿，天王殿，观音阁，罗汉堂及寮房等，计九十九间半。大雄宝殿内供奉高约两丈，重数十吨的大铁佛三尊，铁佛后有三十三天海岛。寺门前有大树两颗，还有供香客上岸的船埠，长有十多米，旁有宽三米的石桥，名”桂月桥“。

　　寺院三面环水，形成钩状，寺在钩之中心，因此民间有“金钩吊月”之说。另外，菩昙寺与北面的安隐寺，南面的萧山的青龙寺三寺成一直线，因而被认为建于风水宝地之上。后菩昙寺历经战乱，大火等多次劫难，现仅存古井一口，名“钵盂泉”水质清澈，一直供当地居民饮用。1990年经余杭区人民政府宗教部门批准菩昙寺成为一个合法的佛教活动场所。